Layanan Konseling adalah bagian yang berfokus pada pendampingan serta konsultasi terkait pendidikan, beasiswa, kesehatan, karier, masalah pribadi, dan berbagai isu aktual di kalangan mahasiswa. Kegiatan konseling dapat dilakukan di dalam maupun di luar ruangan, menyesuaikan kebutuhan klien (mahasiswa) atau organisasi kemahasiswaan yang membutuhkan arahan maupun pendampingan. Pelayanan ini tersedia secara langsung (tatap muka) maupun melalui media online. Sistem layanan konseling mahasiswa dibagi menjadi beberapa level. Pada tingkat program studi, mahasiswa dapat berkonsultasi dengan Ketua Program Studi (Kaprodi). Pada tingkat Fakultas, mahasiswa bisa mendapatkan layanan dari Wakil Dekan bidang kemahasiswaan. Sementara pada level Universitas, mahasiswa dapat mengakses konsultasi melalui Divisi Konseling dan Kesejahteraan. Jika selama proses konsultasi dibutuhkan tenaga ahli medis untuk pemberian terapi farmakologis, mahasiswa akan direkomendasikan (dirujuk) kepada Psikiater di rumah sakit mitra UNIMUS sesuai kebutuhan.